به گمانم متغیرها اندر awk محلی است یعنی بیرون از awk دسترسی ندارید بش :
awk به خطهای تهی حساس است . با فرمان sed '/^$/d' خطهای تهی را پاک کنیدکد:sed '/^$/d' test.txt | awk 'BEGIN {min="9999999999";max="-99999999";sum=0;counter=0}; { if($1<min) min=$1; if($1>max) max=$1; sum+=$1 ;counter+=1;} END {print "\nMAX="max, "\nMIN="min, "\nSUM="sum ,"\naverage="sum/counter}' > temp_file cat temp_file